Nació el 25 de diciembre de 1642 (según el calendario juliano), 4 de enero 1643 (calendario gregoriano), en Woolsthorpe, una aldea en el condado de Lincolnshire, Inglaterra.
Hijo póstumo; nació prematuramente tres meses después de la muerte de su padre, un próspero granjero analfabeto también llamado Isaac Newton.
Su pequeño tamaño y delicado estado hacen temer sobre su suerte aunque finalmente sobrevive. Su madre Hannah Ayscough, se volvió a casar cuando Newton tenía tres años, yéndose a vivir con su nuevo marido, el reverendo Bernabé Smith, dejando al pequeño Isaac al cuidado de su abuela, Margery Ayscough. Su progenitora tuvo tres hijos en este segundo matrimonio.
Cuando tenía 14 años, su padrastro (al que odiaba) murió y Newton regresó a Woolsthorpe.
Desde joven apareció como "tranquilo, silencioso y reflexivo" aunque lleno de imaginación. Se entretenía construyendo artilugios: un molino de viento, un reloj de agua, un carricoche que andaba mediante una manivela accionada por el propio conductor, etc.
Su madre quería que se convirtiera en agricultor, pero Newton aborrecía la agricultura.
Desde los 12 años hasta que cumplió los 17, cursó estudios en la escuela primaria en Grantham. En 1661, ingresó en el Trinity College de la Universidad de Cambridge, donde estudió matemáticas bajo la dirección del matemático Isaac Barrow.
Recibió su título de bachiller en 1665 y le nombraron becario en Trinity College en 1667 (entre 1665 y 1667 la Universidad de Cambridge se cerró por la peste y Newton regresó a Woolsthorpe). Desde 1668 fue profesor. Newton se dedicó al estudio e investigación de los últimos avances en matemáticas y a la filosofía natural.
Realizó descubrimientos fundamentales que le fueron de gran utilidad en su carrera científica. Consiguió en el campo de la matemáticas sus mayores logros. Generalizó los métodos que se habían utilizado para trazar líneas tangentes a curvas y para calcular el área encerrada bajo una curva, descubriendo que los dos procedimientos eran operaciones inversas. Uniéndolos en lo que llamó el método de las fluxiones, desarrolló en 1666 lo que se conoce hoy como cálculo, un método nuevo y poderoso que situó a las matemáticas modernas por encima del nivel de la geometría griega. En 1675 Leibniz llegó de forma independiente al mismo método, al que llamó cálculo diferencial; su publicación hizo que Leibniz recibiera los elogios por el desarrollo de ese método, hasta 1704, año en que Newton publicó una exposición detallada del método de fluxiones. En 1669 obtuvo la cátedra Lucasiana de matemáticas en la Universidad de Cambridge.
La óptica también fue del interés de Newton. Llegó a la conclusión de que la luz del Sol es una mezcla heterogénea de rayos diferentes -representando cada uno de ellos un color distinto- y que las reflexiones y refracciones hacen que los colores aparezcan al separar la mezcla en sus componentes. Demostró su teoría de los colores haciendo pasar un rayo de luz solar a través de un prisma, el cual dividió el rayo de luz en colores independientes. En el año 1672 envió una breve exposición de su teoría de los colores a la Sociedad Real de Londres.
Tras la muerte de su madre en 1678, Newton entró seis años de reclusión intelectual donde sólo se comunica con las notas breves. En 1704, publicó su obra Óptica, en donde explicaba detalladamente su teoría.
En 1684 recibió la visita de Edmund Halley, un astrónomo y matemático con el que discutió el problema del movimiento orbital. Durante los dos años y medio siguientes, estableció la ciencia moderna de la dinámica formulando las tres leyes del movimiento. Aplicó estas leyes a las leyes de Kepler sobre movimiento orbital y dedujo la ley de la gravitación universal. Publicó su teoría en Philosophiae Naturalis Principia Mathematica (Principios matemáticos de la filosofía natural, 1687), que marcó un punto de inflexión en la historia de la ciencia y que se consideró como la obra más influyente en la física. Tardó dos años en escribirlo siendo la culminación de más de veinte años de pensamiento. Newton sentó las bases de nuestra era científica. Sus leyes del movimiento y la teoría de la gravedad sustentan gran parte de la física moderna y la ingeniería.
En 1687 apoyó la resistencia de Cambridge contra los esfuerzos del rey Jacobo II de Inglaterra para convertir la universidad en una institución católica. Tras la Gloriosa Revolución de 1688, la universidad lo eligió como uno de sus representantes en una convocatoria especial del Parlamento británico. Ese mismo año Newton conoce al filósofo John Locke, entre los dos dedican bastantes horas a la discusión de temas teológicos, en especial el de la Trinidad, Newton canaliza sus esfuerzos en los problemas de la cronología Bíblica. En 1693 Newton mostró síntomas de una severa enfermedad emocional. Aunque recuperó la salud, su periodo creativo había llegado a su fin.
Fue nombrado inspector y más tarde director de la Casa de la Moneda en Londres, donde vivió hasta 1696; durante su mandato se cambió la moneda británica del patrón plata, al patrón oro. En ese año participa en un desafío matemático propuesto por Jacob Bernoulli, su contendor era Leibniz el cual no logra superar en prontitud las soluciones presentadas por él. Perteneciente a la joven generación de Fellows de la Royal Society, en 1703 fue elegido su presidente, cargo que ocupó hasta el final de su vida. Además de su interés por la ciencia, también se sintió atraído por el estudio de la alquimia, el misticismo y la teología.
Newton además tuvo fama por su mal carácter y conflictos con otras personas, en particular con Robert Hooke y Gottfried Leibniz.
Sus años de madurez y vejez transcurrieron en su residencia en Cranbury Park, cerca de Winchester, al cuidado de una sobrina, Cátherine Barton hija de una hermanastra y casada con John Conduit, que se convertiría en su más ferviente apologista.
Tras un brusco empeoramiento de su afección renal, Newton falleció en Londres mientras dormía, el 20 de marzo 1727 (calendario juliano), 31 de marzo de 1727 (calendario gregoriano), siendo enterrado en la Abadía de Westminster, siendo el primer científico en recibir este honor. Voltaire pudo haber estado presente en su funeral.
Algunos biógrafos corrigen que Isaac Newton murió virgen. Su evidente misoginia, unida a un puritanismo extremo, le impedía acudir a los burdeles. Dejó una cuantiosa colección de manuscritos. Los investigadores descubrieron miles de folios conteniendo estudios de alquimia, comentarios de textos bíblicos, así como cálculos herméticos oscuros e ininteligibles. Su pelo fue examinado en 1979 y se encontró mercurio, probablemente como resultado de sus búsquedas alquímicas. El envenenamiento por mercurio podría explicar la excéntrica conducta de Newton durante la vejez.
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